L’histoire des Yakuza au Japon est assez singulière dans le monde du crime organisé. Tout a démarré au XVIIe siècle lorsque certains parias de la société féodale se regroupèrent pour jouer à des jeux d’argents dans des lieux clandestins. Ils se sont ensuite spécialisés dans l’arnaque des passants. Au XIXe siècle, ils ont pris le nom de « Yakuza », dérivé d’un jeu de cartes où l’addition du 8 (Ya), du 9 (Ku) et du 3 (San) représente la plus mauvaise main. En faisant appel aux services des Samouraïs déchus, les Yakuza se sont organisés en clans ayant chacun leur milice armée.

Les événements politiques du XIXe siècle et la modernisation de l'État ont constitué une opportunité pour les Yakuza de se rapprocher du pouvoir. Que ce soit pour rendre service à des fonctionnaires locaux corrompus ou pour asseoir l’autorité du nouveau pouvoir en place, ils ont réussi à poursuivre leurs activités criminelles tout en étant blanchis et protégés par le gouvernement. Toutefois, l’ouverture du pays au début du XXe siècle a contrarié leurs activités. Ils se sont alors rapprochés des politiciens conservateurs et des industriels, qui les ont protégés en échange de services de garde du corps et de moyens de répression du mouvement ouvrier naissant. Les Yakuza se sont également illustrés en contrant l’invasion de la Russie en 1904, ainsi qu’en facilitant les invasions de la Corée en 1905 et de la Mandchourie en 1931. En remerciement, le gouvernement japonais les a laissés prendre le contrôle du trafic des matériaux précieux. Leur pouvoir s’est encore renforcé durant la Seconde Guerre mondiale puisqu’ils contrôlèrent la distribution des denrées alimentaires à la population.

L’après-guerre s’est notamment vue marquée par l’arrivée de nouvelles organisations criminelles coréennes et taïwanaises, par l’émergence d’une nouvelle jeunesse violente et criminelle, par l’activisme communiste et par la multiplication...