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Covid-19: la PCR nous ment-elle?

06/10/2020

OPINION: Les tests PCR sont devenus le gold standard dans la recherche de la covid-19: les indicateurs qu'ils fournissent arment ministres, préfets et maires dans leurs décisions de fermetures d'établissements et de confinements, et à ce titre, ils sont devenus incontestables. Incontestables, vraiment?

Covid-19: la PCR nous ment-elle?

Les coronavirus sont munis d'une enveloppe avec des spicules leur permettant de se fixer, puis de pénétrer dans les cellules des fosses nasales, des yeux ou encore des poumons.

Leur matériel génétique est constitué d'ARN monocaténaire "à polarité positive", ce qui signifie qu'il est immédiatement capable de détourner toutes les capacités de production de la cellule infectée vers sa seule réplication.

Lorsque l'on réalise le fameux "test RT-PCR" par prélèvement nasal, c'est cet ARN viral qui va être utilisé.

Il est purifié par l'ajout de différents solvants puis mis en suspension dans de l'eau. Grâce à l'application d'une enzyme, la Transcriptase Reverse (RT en anglais), il est transformé en ADN qui, à son tour, est soumis à une réaction de polymérisation en chaîne (PCR en anglais) qui, à chaque cycle, va le multiplier plusieurs millions de fois.

Plus le virus est en grande quantité, moins le nombre de cycles nécessaires pour le détecter sera important (CT pour Cycle Threshold en anglais), et inversement.

Autrement dit, même une très faible charge virale peut donner un résultat positif.

Cependant si cette très haute sensibilité est bienvenue pour un diagnostic, elle donne une information totalement fausse pour identifier une personne contagieuse.

Dès lors, existe-t-il un CT à partir duquel un patient peut être considéré comme non contagieux?

Aux USA, le New York Times a indiqué dans un article du 28 août, que la plupart des tests fixent le CT à 40, précisant que "des tests avec des seuils aussi élevés peuvent ne pas détecter uniquement du virus vivant mais aussi des fragments génétiques, restes de l’infection qui ne posent pas de risque particulier".

Une virologiste de l’Université de Californie interrogée déclare qu’un test avec un CT supérieur à 35 est trop sensible, "un seuil de 30 à 35 étant plus raisonnable"....

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